Ebenso belegen heruntergebrochene Dachziegel, Schieferplatten und verkohlte Hölzer die Feuerzerstörung des Bauwerks. Auch etliche Münzen und mehrere Pilgerzeichen konnten geborgen werden. Sie belegen das Wallfahrtsgeschehen im 15. und frühen 16. Jahrhundert.
Zerstörung vermutlich aufgrund der Predigten von Thomas Müntzer
Die Zerstörung der Kapelle geschah, den Angaben nach, mutmaßlich unter dem Eindruck des damals an der Johanniskirche in Allstedt predigenden Thomas Müntzer. Die Auflehnung gegen die erdrückende Last an Abgaben und Diensten verband sich mit der protestantischen Bewegung, die das klösterliche Leben und den Heiligenkult grundsätzlich infrage stellte.
Der Rat der Stadt Allstedt weigerte sich, die Täter zu bestrafen. In einem Schreiben an Herzog Johann von Sachsen (1498-1537) wird die Tat damit gerechtfertigt, dass in der Kapelle der „Teufel zu Mallerbach unter dem Namen Maria“ angebetet worden sei, eine mutmaßlich auf Thomas Müntzer zurückgehende Argumentation.
Landesausstellung „Gerechtigkeyt 1525“
Die diesjährigen Grabungen an der Mallerbacher Kapelle laufen noch bis zum 20. September. Zusammen mit den Grabungen am ehemaligen Kloster Kaltenborn bei Emseloh (Landkreis Mansfeld-Südharz) im letzten Jahr sind sie ein Beitrag zum Gedenkjahr „Gerechtigkeyt. Thomas Müntzer & 500 Jahre Bauernkrieg“.
Funde der Ausgrabungen sollen im Sommer 2025 in einer Ausstellung im Landesmuseum für Vorgeschichte gezeigt werden, die ein Bestandteil der dezentralen Landesausstellung „Gerechtigkeyt 1525“ ist. Neben dem Landesmuseum für Vorgeschichte Halle sollen Funde im Spengler-Museum Sangerhausen und im Harzmuseum Wernigerode gezeigt werden.