Später waren E-Mails bekanntgeworden, aus denen hervorging, dass jemand an hoher Stelle im Ministerium um Prüfung gebeten hatte, inwieweit Aussagen im Protestbrief der Berliner Hochschullehrer strafrechtlich relevant sind und ob das Ministerium als Konsequenz Fördermittel streichen könnte. Das Vorgehen löste Proteste aus. Stark-Watzinger trennte sich daraufhin von Staatssekretärin Döring und erklärte, die für die Hochschulabteilung fachlich zuständige Staatssekretärin habe den zugrundeliegenden Prüfauftrag veranlasst.
Später hieß es vom Ministerium: Döring habe telefonisch eine juristische Prüfung des Protestbriefs beauftragt. Dieser Auftrag sei von der Fachebene des Ministeriums so verstanden worden, dass sowohl eine rechtliche Prüfung als auch eine Prüfung möglicher förderrechtlicher Konsequenzen durchgeführt werden sollte. Döring habe erklärt, dass die Prüfung möglicher förderrechtlicher Konsequenzen von ihr nicht beabsichtigt gewesen sei.