Der Verband New Ways Ministry, der für die Rechte von Lesben, Schwulen, Bisexuellen und Transgender (LGBT) in der katholischen Kirche einsteht, kritisierte das Papier als "schädliches Werkzeug". Die "Fehlinformation in dem Dokument wird dazu führen, dass Familien ihre Kinder ablehnen" und Homosexuelle sowie Transgender weiter diskriminiert würden. Das Geschlecht werde "nicht nur durch sichtbare Genitalien bestimmt", heißt es in einer Mitteilung, "sondern auch durch Genetik, Hormone und Chemie - Dinge, die bei der Geburt nicht sichtbar sind". "Der Vatikan bleibt im Mittelalter, fördert die falsche Lehre und stützt sich auf Mythen, Gerüchte und Unwahrheiten."
Auch beim deutschen Lesben- und Schwulenverband (LSVD) sorgte der Leitfaden für Entsetzen. Mit dem Schreiben verweigere sich die katholische Kirche nicht nur der Realität geschlechtlicher Vielfalt. Sie legitimiere auch "Stigmatisierungen, Diskriminierungen und schwere Menschenrechtsverletzungen, wie sie weltweit an der Tagesordnung sind", erklärte Henny Engels, Mitglied im LSVD-Bundesvorstand.
"Die Publikation ist eine Kampfansage an trans- und intergeschlechtliche Menschen, zielt aber auch auf Partnerschaften und Familien von Lesben und Schwulen sowie letztlich auf alle Menschen, die gegen die engen Vorstellungen und Normen von Männlichkeit, von Weiblichkeit und von Geschlecht verstoßen."