Der Vogel ist in Deutschland stark gefährdet, in Bayern mit derzeit nur noch circa 350 Brutpaaren. Im Freistaat kommt die Flussseeschwalbe fast nur in Südbayern vor, bei uns in Nordbayern gibt es bisher kaum Hinweise auf Brutversuche. Sie braucht einen ganz besonderen Lebensraum: Um erfolgreich brüten zu können, benötigen Flussseeschwalben blanken Kiesboden, wo sie in eine Nestmulde meist zwei bis drei gut getarnte Eier legen, die von beiden Elternteilen bebrütet werden. Auf dem Speiseplan der Flussseeschwalbe stehen kleine Fische, Krebse und Insekten. Flussseeschwalben brüten in der Regel erst im dritten oder vierten Lebensjahr und können über 20 Jahre alt werden. Gerade ältere Individuen zeigen eine stark ausgeprägte Brutplatztreue. Sie kehren also jedes Jahr in ihre angestammte Kolonie zurück. Dadurch sind auch langjährige Saison-Ehen möglich, obwohl die Partner den Winter teilweise getrennt im südlichen Afrika verbringen.