Wegener kam 1929 in Jüterbog in Brandenburg zur Welt. In der DDR wurde er wegen des Verteilens von Flugblättern über ein Jahr ins Gefängnis gesteckt. 1952 floh er zunächst nach Westberlin, dann nach Westdeutschland, wo er eine Karriere beim Bundesgrenzschutz, der heutigen Bundespolizei, begann.
1972 war er Referent des damaligen Bundesinnenministers Hans-Dietrich Genscher, der ebenfalls später ein regelmäßiger Gast in Bischofsgrün war, wenn er die Bayreuther Festspiele besuchte. Die Befreiuungsaktion der israelischen Geiseln bei der Olympiade in München war kläglich gescheitert, weil es bis dahin keine Antiterrorspezialkräfte in der Bundesrepublik gab. Wegener schlug Genscher die Aufstellung einer solchen Einheit vor. Und wurde ihr erster Chef, ein Kommando, das er bis 1979 innehatte.
Die Patenschaft zwischen der in Sankt Augustin bei Bonn stationierten GSG 9 und Bischofsgrün ist die einzige ihrer Art. Vor zwei Jahren wurde das 40-jährige Bestehen in Bischofsgrün gefeiert. Es war das letzte Mal, dass Wegener persönlich in Bischofsgrün war, damals noch bei guter Gesundheit und noch ganz der stramme, kerzengerade alte Soldat. Vor wenigen Monaten verlieh im die Gemeinde Bischofsgrün die Ehrenbürgerschaft.
Am 28. Dezember ist General a. D. Wegener im Alter von 88 Jahren gestorben, wie zuerst die Bild-Zeitung gemeldet hat.